1、注意微生态制剂的质量
使用微生态制剂时，一定要注意菌体的数量和活力，一般要求每毫升含3亿个以上的活菌体，且活力要强。试验表明，随着微生态制剂保存期的延长，活菌数量逐渐减少，其作用效果明显降低。所以除应注意妥善储存外，还应尽早使用，制剂的颜色和气味发生明显变化，则可能意味着菌体已开始死亡腐败，尽量不要再使用。
2、除了注意保持原有产品中菌体活性外，还可采取适当的活化措施菌体的活性，增强使用效果。使用粉剂时，好用池塘水浸泡30分钟左右，再泼洒；芽孢杆菌在保存期间以芽孢的形式存在，可通过配制好的培养基进行活化，增殖，然后泼洒；光合细菌可用沸石粉吸附后再进行泼洒
3、降低环境因子的不良影响
各种环境因子都可能对微生态制剂产生一定的影响，我们应把不良影响降到小，选择适宜的水环境，一般控制pH6-8，水温15-35℃，水体溶解氧2㎎/L以上。当然，不同菌株受环境因子的影响也有所不同。阴雨天使用光合细菌效果不明显；亚硝酸盐和pH偏高的水体，使用芽孢杆菌制剂的效果不明显；pH值低于7或者高于8.5的水体，以及溶解氧含量低的水体，不利于硝化细菌的生长；光对硝化细菌的生长，繁殖也有一定的作用。因此，在使用微生态制剂前，应测定有个水环境因子的指标，依此选择相适应的微生态制剂，并通过改进措施，达到为理想的效果。
4、把握佳的使用时期
由于微生物制剂起效具有滞后性，要挥发微生态制剂的治本作用，就必须提前使用。尤其是在幼苗开食，食性转换，季节变化，鱼病高发等关键时期，提前使用微生态制剂，才能够收到良好的防病效果。
5、掌握准确的使用周期
微生态制剂进入水产动物体内或者水体环境中，有益菌的数量具有先增后降的生长周期，其长短与菌群种类，密度，水体肥瘦，有害菌的数量等密切相关，一般为20-30天。所以在应用中应参考水体的透明度以及水质化学指标，及时调整，
6、寻求合理有效的使用方法
使用方法好坏是决定微生态制剂效果的关键，应遵循一定的原则。首先要协调好与其他技术措施的关系，禁止与抗生素，杀菌化学药以及具有作用的中草药，杀虫剂等同时使用，在施微生态制剂后的生长周期内，尽量不使用化学，不换水；此外应按照“交叉交替”原则进行使用，即根据不同的养殖期，不同的水质要求，交叉使用不同类型的微生态制剂，通过外用与内服相结合，泼洒与拌饵的交替使用，不仅使有益菌在养殖环境中形成优势菌群，而且在水产养殖动物体内也成为优势菌群，保障水产养殖动物始终处在健康的生长环境中。
