如今我国微生态制剂虽在水产养殖中取得了不错的效果，但存在的问题仍是显而易见的，要想水产微生态制剂能有一个良好的发展前景，正确认识和使用水产微生态制剂变得十分关键。
许多微生态制剂源于环保制剂，当应用于水产养殖时，应注意菌株的特异性，考虑对水生生物的性，如假单胞菌中的荧光假单胞菌和铜绿假单胞菌对鱼类就是病原菌。目前，除光合细菌外，其他的微生态制剂尚无国家统一的产品标准。国内生产厂家众多，产品难免鱼龙混杂，所选的菌种应进行针对性的选择和严格的驯化，防止对渔业生产和人的健康造成损害。因此，应选择那些有研发实力，技术成熟的生产厂家的产品，确保产品的性。
针对性
目前市场上常见的应用于水产上的微生态制剂产品不是很多，根据其在水产殖中的应用大致
可分为两类：一类是用于改良水质的，即水质微生态调控剂；另一类是内服以鱼类抗病力的，即饲料微生态添加剂。不同种类的微生态制剂其针对性和作用效力不尽相同。高浓度的光合细菌增氧效果佳；EM菌和硝化细菌氨氮效力高；芽孢杆菌有明显的降低亚硝酸盐的作用；EM菌有助于体的pH。实际应用时，应该根据具体的要求，合理选择微生态制剂，发挥它的大效力。近年许多学者和生产厂家试图利用不同菌株的不同特性，将多种菌株培育后复合，以期发挥他们的综合效果。但由于不同菌株的生长，繁殖条件不同，同一环境条件难以同时满足所有复合菌株发挥作用的要求，其作用值得进一步探讨。
