牛羊微生态制剂的价值已被众多饲料生产及养殖企业认可，但在使用上仍存在许多问题，合理的避开这些问题能使牛羊微生态制剂的品质逐步提升，将更好的为养殖业的健康和可持续性发展提供强有力的保障。
1、与养殖业发达的地区相比，我国目前的发酵技术，相关专业人员和发酵设备都是远远落后的，目前也没有形成统一的生产技术标准和生产管理监督制度，在发酵饲料的过程中容易受污染，存在很多的**隐患，因此，建立健全行业检测标准和方法显得十分必要，目前想要生产优质价廉的发酵饲料，还有待研发出一些自动化程度高规模大的固体发酵设备。
2、目前我国允许使用的微生物菌种不能满足发酵饲料的要求，因此需要选育一些性能优良并且无毒无害的微生物菌种，并且使用专业技术指导，使发酵饲料产品质量得到保证，降低生产成本，牛羊微生态制剂中的活菌质量不稳定，容易失活，因此，还要找出适合的保存运输牛羊微生态制剂的方法有重要的实践意义。
3、饲料在发酵的过程中，微生物区系平衡被打破后，益生菌在特定情况下有可能会转变为病原菌，如乳酸杆菌引起的临床感染。因此发酵饲料的使用应充分考虑动物、消费者以及环境等因素**方面的问题，经过严格的科学试验确认其无害后才能推广应用。牛羊微生态制剂中的大部分有益菌是活菌，而抗生素具有杀菌作用，因此二者也不能同时使用。
4、由于各种微生物饲料的菌种组合以及饲喂方法的不同，要针对不同的动物选用不同种类的牛羊微生态制剂，养殖企业在选择牛羊微生态制剂时应充分考虑动物种类，生理阶段，饲养条件和使用目的等因素，来确保每类产品都有明确的使用对象。
牛羊微生态制剂作为一种新型饲料添加剂，来源广泛，资源丰富，通过微生物发酵工艺将农业废弃物转化为有用的产品，有效的降低环境污染，解决人畜争粮问题。牛羊微生态制剂市场前景广阔，近年来应用科学，发酵工程等相关学科的飞速发展，为牛羊微生态制剂的发展提供了良好的理论基础。