所谓水产微生态制剂，是利鱼虾蟹等动物体内或养殖水体中的有益微生物或促进物质经特殊加工工艺而形成的活菌制剂。可用于水中微生态调控，净化水质，能产生生物效应或生态效应，也可用于调整或维持动物肠道内微生态平衡，达到预防疾病，促进水产养殖动物健康生长的目的。
微生态制剂是从自然界或动物体内分离得到的有益菌，经培养、发酵、加工等工艺制成的包含菌体及其代谢产物的活菌制剂。微生态制剂常用的益生菌菌种很多，到目前为止，在已经批准的微生态制剂产品中，常见的益生菌有9类:乳杆菌、双歧杆菌、枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、粪肠球菌、粪链球菌、蜡样芽孢杆菌、酪酸梭菌和嗜热链球菌。微生态制剂无毒副作用，可以改善水体生态环境，提高养殖对象免疫力等作用，因此具有广阔的应用前景。
根据其主要成分，微生态制剂可分为3类:益生菌、益生元和合生素三种。益生菌又称益生素，是指使用后通过益生菌分解代谢直接发挥作用，达到提高宿主健康水平和维持良好养殖环境的目的。
常见的益生菌有芽孢杆菌、光合细菌、酵母菌等。益生元是指能够选择性地促进-种或几种益生菌生长繁殖的物质，通过有益菌的繁殖增多，抑制有害细菌生长，从而达到调整肠道或水体菌群，促进机体健康的目的。常见的有双歧因子、寡糖类物质等。合生素是指益生菌和益生元同时并存的制剂。
使用的的益生菌在益生元的作用下，快速繁殖增多，使之更有利于发挥分解、抗病、保健的有益作用。微生态制剂按照菌种组成又可分为单-型和复合型微生态制剂两种。单一型微生态制剂在水产养殖中广泛应用的主要有芽孢杆菌类、酵母菌类、光合细菌类、硝化反硝化细菌类、乳酸菌类等。复合微生态制剂有EM菌等。微生态制剂按照剂型又可分为液体型和粉剂和颗粒型三种剂型。不同剂型各有优缺点，水产养殖中应根据不同需要选择相应剂型。